Военно-исторический музей артиллерии, инженерных войск и войск связи расположен на территории Кронверка – памятного места петровского Санкт-Петербурга. Кронверк (нем. Kronwerk) – укрепление в виде короны.

Он был построен в 1705–1708 гг. как вспомогательное деревоземляное укрепление Санкт-Петербургской крепости со стороны суши и состоял из бастиона и двух полубастионов (орильонов), соединенных куртинами. Вокруг укрепления был прорыт ров, который заполнили водой.
Кронверк должен был прикрывать крепость с севера во время возможного нападения шведов. Сооружение Кронверка находилось под личным контролем Петра I и петербургского губернатора А.Д. Меншикова. Строительными работами руководил пертербургский обер-комендант Р.В. Брюс.
Фортификационная история Кронверка связана с именами выдающихся военных и государственных деятелей XVIII столетия: генерал-фельдцейхмейстеров графа Б.-Х. Миниха, принца Л. Гессен-Гомбургского и графа П.И. Шувалова, инженера генерал-майора А.П. Ганнибала и многих других.
В 1998-2003 годах в северо-восточной части Кронверка Петропавловской крепости на территории Артиллерийского музея проводились археологические работы. Их целью было выявление первоначальных укреплений начала XVIII в., и определение специфики культурных напластований в этой части города, осуществлявшееся в рамках программы «Археология Петербурга». В ходе этих работ было обнаружено немало интересного, и в первую очередь – остатки военного лагеря армии Петра I, который здесь функционировал в 1703-1704 годах.
Один из выявленных объектов на территории этого лагеря – групповое захоронение, обнаруженное в одном из котлованов небольшого сооружения. Ориентировка погребенных – головой на северо-запад, руки сложены на груди, что соответствует общим нормам христианского обряда. В ходе расчистки погребения были найдены бронзовые нательные кресты, массивный нож с деревянной ручкой, куски кожи (в том числе, возможно, фрагменты поясного ремня и обуви), фрагменты телячьей шкуры и рогожи.
Антропологи провели исследование останков погребенных, и вот что они выяснили. Это были костяки молодых мужчин, возрастом до 20 лет. Все они были небольшого роста, а грацильность костей свидетельствует о некачественном питании в течение жизни. Характерная черта черепов – у всех на нижней и верхней челюстях заметна сточеность четырех крайних правых моляров. Возможное объяснение этого факта заключается в системе заряжания стрелкового оружия начала XVIII в., когда солдаты должны были отрывать зубами («скусывать») заднюю часть бумажного патрона перед насыпкой пороха в ствол. Это действие производилось правой рукой и, соответственно, правой половиной челюстей человека.
Эти атропологические данные, а также результаты изучения находок и их расположения на теле погребенных, позволили сделать вывод о том, что в могиле были захоронены солдаты армии Петра – первые строители Санкт-Петербургской крепости. Над погребением был прослежен могильный холмик, соответственно, солдаты были похоронены после того, как зимний лагерь был покинут в начале военной компании 1704 г.
Среди находок из слоя военного лагеря не только вещи, связанные с погребением, но и множество бытовых предметов; встречаются также и части оружия. Особенно интересны детали лошадиной упряжи и корабельные заклёпки. Такие заклёпки традиционно используются в скандинавской судостроительной технике. Возможно, солдаты, жившие на территории лагеря, разбирали трофейные шведские суда.
В ходе археологических исследований было выявлено, что на территории, называвшейся в XV–XVI вв. Фоминым островом (ныне – Петроградским), располагалось несколько крупных селений новгородского и московского периодов развития Приневья. В XVII в., в шведский период, на острове размещались крупные дворянские усадьбы (мызы), а также несколько хуторов. Археологические раскопки последних лет позволяют говорить о реальной многовековой истории этой местности, начиная не только с Ниена и Ниеншанца, но с более раннего дошведского периода. Подобных археологических комплексов на территории Санкт-Петербурга до настоящего времени не было обнаружено.